1、林业资源
林芝市是中国三大林区之一，拥有中国最大原始森林区。植物种类繁多，从亚热带到寒带植物都有生长，已探明的各类植物有6000余种，其中高等植物多达3000多种，是世界生物多样性最典型的地区，素有“生物基因库”、“绿色宝库”之称。林地面积374万公顷，森林面积264万公顷。活立木蓄积量8.82亿立方米，占全区积量的65%，列黑龙江、云南、四川之后。在喜马拉雅山、横断山、念青唐古拉山高山峡谷中，自海拔7000多米的雪峰到海拔几百米的谷底，依次分布着低山热带雨林、低山准热带雨林、山地亚热带常绿阔叶林、山地亚热带常绿落叶阔叶混交林、山地温带松林、亚高山寒温带冷杉林、高山灌丛疏林和高山草甸。林芝地区现有自然保护区3个，分别是雅鲁藏布大峡谷国家级自然保护区、察隅慈巴沟国家级自然保护区、西藏工布自治区级自然保护区。3个自然保护区总面积317.4万公顷，占地区国土总面积的41.76%。其中西藏工布自然保护区内有巴松措、色季拉两个国家森林公园和易贡国家地质公园。1998年，中国科学院经过几十年的严谨认真的考察研究宣布：雅鲁藏布江大峡谷无论从长度、深度、还是景观品质上在全球都是无与伦比的，是当之无愧的世界第一大峡谷。林芝地区已知的大型真菌植物达43科、180属、686种，占西藏总数的78%，占全国的17%。其中食用菌240种，药用菌180种，毒菌80种，木腐菌70多种，外生菌根菌180余种。食用菌主要有松茸、牛肝菌、羊肚菌、鸡腿菌、青冈菌、露水菌、木耳等，仅松茸年产量达250吨左右。由于林芝地区气候条件独特，能适应多种经济林木生长，广泛分布着许多温带、亚热带经济林木。温带型有苹果、桃、梨、核桃、杏、木瓜、李、桑、葡萄、柿、花椒、猕猴桃、板栗、草莓、漆树等；亚热带型有柑桔、枇杷、杨梅、榕、芭蕉、杜仲、油桐等。
2、水力资源
境内河流、湖泊、溪流广布，水域面积7658公顷，冰川面积67.28公顷。因地势由北向南倾斜，河水均由南流出境。河流主要属雅鲁藏布江、怒江两大水系，其余有易贡藏布、帕隆藏布、尼洋河、丹巴曲、贡日藏布曲、察隅河等河流。水能蕴藏量在8225万千瓦以上，可开发利用水能资源达3184万千瓦，已开发利用的有3.33万千瓦。林芝市为高山切割地形，较大湖泊有工布江达县措高湖、波密县易贡湖、帕隆湖、古乡湖及察隅县八嘎湖等。
3、农业资源
全市宜农土地面积45万亩，现有耕地面积28万亩。林芝市雨量充沛，气候湿润、土地肥沃，主要农作物有青稞、冬小麦、春小麦、豌豆、油菜等。特色作物有鸡爪谷、果洛、荞麦、当地玉米等；新引进的农作物有黑麦草、籼优2号、丰字可乐等。主要饲养牦牛、黄牛、犏牛、绵羊、山羊、藏猪、杂交猪、马驴、藏鸡等牲畜和家禽。
4、野生植物
林芝市野生植物从亚带到寒带植物都有生长，森林覆盖率为46.1%，素有“绿色宝库”之称。据不完全统计，西藏65%的植物在林芝有分布，其中维管束植物3768种，菌类植物686种，苔藓类植物533种。主要林木种类有冷杉、云杉、高山松、华山松、巨柏、杨桦、高山栎、檀木、樟林、楠林等。珍稀野生植物有西藏古柏、喜马拉雅冷杉、植物活化石“树橛”以及百余种杜鹃等。在雅鲁藏布大峡谷国家级自然保护区内，仅高等植物就有3千多种，竹类植物约有十几种，野生兰科植物80多种。林芝是藏药文化的发祥地，被誉为“药洲”，藏药材有2400多种，是西藏药用植物最多的市，约占全国药用植物种类的65%-70%，主要有虫草、贝母、当参、红景天、天麻、丹参、三七、雪莲花、灵芝、大黄、海南粗榧、藏麻黄等。
5、野生动物
分布在林芝市的野生动物占西藏总量的72%。目前已知哺乳类动物7目、18科、42属、63种；鸟类动物16目、46科、232种，占西藏鸟类的49%。将近占全国鸟类种数的20%；爬行类动物25种，两栖类动物20种；昆虫已知种数超过1800种(另有文献记录为2322种)，占西藏已知昆虫种数的60%以上。主要野生动物有熊、豹、小熊猫、野牦牛、叶猴、獐子、羚羊、水獭、黄羊、盘羊、猞猁等。国家重点保护的野生动物有96种，如孟加拉虎、赤斑羚、扭角羚、云豹、小熊猫等。
6、旅游资源
林芝是西藏海拔最低、气候最温暖湿润、生态环境最好、生物多样性最丰富的旅游区，是进入西藏旅游的适应性平台，大香格里拉生态旅游区的腹地。林芝风景美如画，冰川衬森林、碧湖映雪山，一派森林云海风光。林芝旅游包容了地文景观类、水域风光类、生物景观类、古迹遗址类、求知休闲保健类、购物类，具备了旅游资源的世界性、多样性、原生性、舒适性。有世界第一大峡谷雅鲁藏布大峡谷、世界第三大峡谷帕龙藏布大峡谷、世界第十五高峰“冰山之父”南迦巴瓦、国家4A级景区巴松措、国家级文物保护单位列山古墓、“全球地质灾害博物馆”西藏唯一的国家地质公园易贡国家地质公园、“西藏的阿尔卑斯山”鲁朗林海，“植物活化石”树龄达2600年的世界柏树王和树龄达1600年的古桑王，以及雅鲁藏布大峡谷、慈巴沟国家自然保护区和色季拉、巴松措国家级森林公园。2005年，雅鲁藏布大峡谷、南迦巴瓦峰、藏布巴东瀑布群分别被中国国家地理杂志社评为中国最美的十大峡谷、十大名山、六大瀑布之首，米堆冰川和岗乡云杉林被评为中国最美的冰川和森林。
7、矿产资源
主要有铁、银、钨、钼、铜、锑、铅、铬、锌、水晶、绿柱石、砂金、粘土、石膏、云母、硫磺等。